Те, кто выступает против генетически модифицированных продуктов питания, включают широкий круг групп интересов, от Гринпис до фермерских ассоциаций, христианских церквей и так далее. Их оппозиция сосредоточена в трех областях:
Во-первых, генетическая модификация против природы и поэтому вредна. Сторонники возразили, что сегодняшние культуры больше не примитивные сорта, в противном случае овощи, которые люди едят, должны быть такими же, как трава, которую едят животные.
Во-вторых, после того, как гены с устойчивостью к гербицидам или токсичными функциями по борьбе с вредителями вводятся в растения, является ли пища, которую они обеспечивают безопасной для человека? В ответ на это сторонники подчеркнули, что до сих пор ни один квалифицированный научно-исследовательский институт не нашел доказательств того, что генетически модифицированные продукты питания вредят здоровью человека, но их долгосрочное воздействие может быть только выведено, и трудно получить исчерпывающие доказательства, чтобы убедить людей.
В-третьих, возможно ли, что пропаганда генетически модифицированных растений слишком поспешно влияет на сельское хозяйство и экологическую среду? Поощрение генетически модифицированных культур, устойчивых к гербицидам, может побудить фермеров злоупотреблять гербицидами, нанося тем самым ущерб или даже вымирание некоторых неосвятных культур. Многие фермеры в развивающихся странах используют такие неосвятные культуры в качестве дополнительных продуктов питания или кормов. Управление по рыболовству и дикой природе США обнаружило, что 74 вида растений находятся под угрозой воздействия гербицидов.