Двухмерная технология электрофореза геля и технология масс-спектрометрии в настоящее время являются наиболее широко используемыми методами изучения протеомии. Двухмерная технология электрофорезного геля использует белковую изоэлектрические точки и разницу в молекулярном весе для различения различных белков. Хотя трудно отличить белки с низким изобилием по двумерным гелевидным электрофорезам, он имеет более высокие требования к эксплуатации, но его высокая пропускная способность, хорошее разрешение и воспроизводимость, а также его характеристики в сочетании с масс-спектрометрией делают его самым популярным и надежным методом исследования Proteomics. Двухмерная технология электрофорезного геля и процедуры исследования протеомики на основе масс-спектрометрии являются примерами подготовки→изоэлектрического фокусировки→полякриламид гель электрофорезис→гель окрашивание→выделивания белковых пятен, представляющих интерес→в-гель пищеварения→мас спектрометрии анализа для определения пептидов отпечатков пальцев или частичной аминокислоты последовательности→изуза базы данных для определения белка. Исследования протеомика требуют разделения белка с высоким разрешением и точных и чувствительных методов идентификации масс-спектрометрии. Окраска белков в гель-электрофорезе не только влияет на разрешение разделения белка, но и влияет на последующую идентификацию масс-спектрометрии. Белковое окрашивание можно разделить на четыре категории: органическое окрашивание реагентов, окрашивание серебра, флуоресцентное окрашивание и окраска изотопов.
Unlu et al. предложили метод количественного анализа протеомика дифференциала флуоресценции, двухмерный электрофорез (F-2D-DIGE). Дифференциальный гель электрофорез (DIGE) является техническим усовершенствования 2-DE. Он сочетает в себе метод множественного анализа флуоресценции. Он отделяет несколько образцов помечены с различными флуоресценции на том же гель и вводит внутренние основные понятия. Белки в двух образцах смешиваются с различными флуоресцентными этикетками для выполнения 2-DE для обнаружения экспрессии белка в двух образцах, что значительно повышает точность, надежность и повторяемость результатов. В технологии DIGE, каждое пятно протеина имеет свой собственный внутренний стандарт, и програмное обеспечение может автоматически откалибровать свое выражение согласно внутреннему стандарту каждого пятна протеина для того чтобы обеспечить что обнаруженные изменения обилия протеина истинны. Технология DIGE применялась в различных образцах.