Есть два основных аспекта, один структурный протеомика, а другой функциональной протеомии. Его исследовательские границы примерно разделены на три области:
(1) Создание протеома или подпротеома и его группы протеомной связи для организмов или клеток тканей, связанных с базой данных генома или транскриптома, то есть составной протеомией.
(2) Выполните местную протеомию или сравнительную протеомию важных физиологических и патологических систем или процессов для важных жизненных процессов или основных заболеваний человека.
(3) Изучение взаимодействия между белками с помощью различных передовых технологий и карта белков определенной системы, то есть интерактивная протеомика, также известная как протеомика "клеточный атлас".
Кроме того, с углублением протеомических исследований появились некоторые новые направления исследований, такие как субклеточная протеомика и количественная протеомика. Протеомика является важным методом исследования системной биологии.